C&P: Hasta hace unos meses, bastantes ya, creía que innerHTML era lo mejor que existía, pero debido a varios problemas con los que el uso hace que encuentres me di cuenta que no podía estar más equivocado. Este artículo que me he encontrado en mi del.icio.us relata las alternativas a este método. link:
http://muffinresearch.co.uk/code/javascript/DOMTool/